Svarbiausia vaiko teisių apsaugos kontrolieriui patikėta užduotis – nacionaliniuose ir tarptautiniuose teisės aktuose įtvirtintų vaiko teisių ir teisėtų interesų propagavimas ir atstovavimas šalyje, naudojant visas įmanomas ir veiksmingiausias priemones, vaikų politinės valdžios ir visuomeninės įtakos neturėjimo kompensavimas valstybės gyvenime – pasižymi savo nekintančia svarba bei tęstiniu pobūdžiu.
Vaiko teisių apsaugos kontrolieriaus misija atskleidžia ir kartu apsprendžia vaiko teisių apsaugos kontrolieriaus uždavinius:
- prižiūrėti ir kontroliuoti, kaip Lietuvoje vykdomos Jungtinių Tautų Vaiko teisių konvencijos ir kitų vaiko teisių ir teisėtų interesų apsaugą reglamentuojančių tarptautinių teisės aktų nuostatos;
- prižiūrėti ir kontroliuoti, kaip laikomasi Lietuvos nacionalinių teisės aktų, reglamentuojančių vaiko teisių ir teisėtų interesų apsaugą, nuostatų;
- koordinuoti valstybės ir savivaldybių institucijų bei įstaigų, nevyriausybinių organizacijų, kitų juridinių ir fizinių asmenų veiksmus, sprendžiant su vaiko teisių ir jo teisėtų interesų apsauga ir užtikrinimu susijusius klausimus, bei skatinti tarpžinybinį bendradarbiavimą;
- identifikuoti ir analizuoti minėtų teisės aktų vykdymo trūkumus, teikti pasiūlymus jų realizavimo procesui tobulinti;
- formuoti ir daryti įtaką visuomenės nuomonei, kad vaikui reikia išskirtinio dėmesio bei paramos, kad būtina užtikrinti tinkamą vaiko teisių ir įstatymais saugomų interesų apsaugą;
- atstovauti vaikams valstybės politiniuose ir visuomeniniuose procesuose;
- keistis informacija ir skleisti žinias tinkamos vaiko teisių ir teisėtų interesų apsaugos klausimais;
- skatinti visavertį vaikų dalyvavimą sprendžiant su jais susijusius klausimus;
- metinėmis veiklos ataskaitomis atkreipti valstybės dėmesį į tas vaiko teisių apsaugos politikos įgyvendinimo sritis, kuriomis rūpinamasi nepakankamai ar neadekvačiai.